홍어의 살과 애(간)에는 고도 불포화 지방산이 75%이상, 이중 EPAㆍDHA는 35%이상 함유되어 있다. 

EPAㆍDHA는 관상동맥질환, 혈전증의 유발을 억제하는 물질이며 DHA는 망막 및 뇌조직의 주요성분으로 알려져 있다.

홍어에는 유리아미노산(taurine성분 등)이 다량 들어 있어서 뇌졸중과, 혈관의 질환, 심부전증의 예방효과가 크다. 

삭힌 홍어 는 PH9의 강알카리성 식품으로 산성체질을 알카리성체질로 바꿔주며 위산을 중화시켜 위염을 억제하고 대장에서는 강 암모니아로써 잡균을 죽여 속을 편하게 한다. 산후조리에도 좋은 식품으로 알려지고 병후회복과 기미, 주근깨, 검버섯은 물론 피부미용에도 좋은 식품으로 전해 내려오고 있다.

 숙성홍어의 지방함량은 0.5%미만으로서 다이어트 식품으로도 뛰어난다. 홍어의 연골에는 관절염 치료제로 많이 쓰이는 황산콘드로이친이 다량 함유되어 있다.

  홍어는 꽃게나 돔, 광어, 우럭, 멸치, 조기 등을 먹이로 삼고 있어 고단백질알칼리성 영양식품의 보고다. 

홍어는 관절염, 류마티스, 신경통, 기관지에 효과가 좋으며 특히 감기에 특효가 있다고 하며 홍어탕(내장탕)은 장의 노폐물을 제거해주므로 장이 깨끗해지고 위염을 억제하고 술독(숙취해소)을 해독하며 끈적끈적한 점액은 스테미너 식품으로 효능이 좋다고 한다.